Economía

La historia económica de la cuenca del Madre de Dios puede ser dividida geográficamente entre la que ocurre en la llanura amazónica y la de las zonas alto andinas. Se puede afirmar que la historia económica moderna en las partes más bajas se inició con la recolección de la castaña. En las estribaciones andinas -o piedemonte andino- la extracción de madera comenzó a darse con mayor intensidad luego de la construcción de las carreteras en las décadas 1960 y 1970. Estas carreteras llegan a Puerto Maldonado (confluencia de los ríos Madre de Dios y Tambopata) y hacia la zona del piedemonte andino llegan a la localidad de Pilcopata en las cabeceras del río Alto Madre de Dios. La construcción del aeropuerto en Puerto Maldonado en la década de 1980 permitió un mayor desarrollo del ecoturismo en la región de Madre de Dios, atrayendo a grupos de turistas que inicialmente se dirigían principalmente a Cusco y Machu Picchu a visitar la zona de los bosques lluviosos de la selva baja.

Minería 

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La minería aurífera representa la primera actividad económica de gran escala en la cuenca Madre de Dios. Actualmente esta actividad se extiende desde las partes más bajas de la cuenca cerca de Puerto Maldonado hasta zonas andinas a elevaciones de casi 4,000 msnm. La cuenca del Inambari, uno de los principales tributarios andinos del Madre de Dios, está zonificada para concesiones mineras, la mayoría de ellas para la extracción de oro. También se han descubierto importantes depósitos de torta amarilla (urania) en la meseta Macusani en la cuenca San Gabán.

Deforestación por minería

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Hidrocarburos

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También existen concesiones de hidrocarburos pero hasta la fecha no hay extracción de petróleo ni gas, a pesar que ya se conoce de algunos descubrimientos dentro de las áreas protegidas.

Extracción maderera

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La actividad maderera se ha expandido en la región del piedemonte andino y en la selva baja a lo largo de las carreteras, especialmente entre Puerto Maldonado y la frontera peruano-brasileña.

Agricultura y Ganadería

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La nueva carretera Interoceánica ha estimulado la expansión de la frontera agrícola. Los cultivos andinos como la variedad de papas y ajíes han comenzado a colonizar más zonas a lo largo de las carreteras, como en la cuenca alta del río Araza. La ganadería se está expandiendo a lo largo de la nueva carretera en la selva baja y el piedemonte andino, y también en la zona de extracción de oro en Huaypetue en la cuenca del río Colorado, la cual contribuye significativamente con la deforestación de esta región. Además de la ganadería, cerca de la frontera brasileña, los cultivos de vegetales, fruta y la agroforestería se están expandiendo rápidamente, incluyendo las plantaciones de teca.

Ecoturismo

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La creación de grandes parques nacionales y otras áreas protegidas, y la increíble variedad de hábitats y de vida silvestre que ellas albergan son factores muy importantes para el desarrollo del ecoturismo en la cuenca Madre de Dios. El gobierno regional de Madre de Dios consiguió en 1994 que la región sea declarada Capital de la Biodiversidad del Perú. En Puerto Maldonado, capital de la región, se pueden observar paneles e información que reafirman esta condición de capital de la biodiversidad peruana y mundial.

Castaña

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La cuenca Madre de Dios es conocida por tener densos bosques de castaña. Las concesiones castañeras cubren aproximadamente 25,000 km2 de la región Madre de Dios.

Pesca

El principal centro de pesca comercial en la cuenca Madre de Dios se encuentra en Puerto Maldonado y Laberinto. Aproximadamente 100 pescadores están distribuidos en estas dos localidades, en su mayoría se dedican por completo a la pesca entre 6 a 8 meses durante los meses de aguas bajas. La pesca es muy difícil y riesgosa durante la época de lluvias, durante estos 4 a 6 meses los pescadores se dedican a otras actividades como la recolección de castaña, la agricultura y la madera.

Coca

El cultivo ilegal de coca para la elaboración de cocaína se ha extendido significativamente en las zonas de piedemonte, con mayor influencia en la cuenca Inambari. Hasta ahora no se tiene claro hasta qué punto la pavimentación de la carretera Interoceánica estimulará aún más esta actividad.